Do mieszkańców grodu wojnickiego, sięgającego swą metryką do czasów plemiennych, a więc co najmniej do początków X w., wieści o chrześcijaństwie docierały już od końca X w., skoro tędy z Węgier wiodła droga św. Wojciecha do Prusów, czy św. Brunona z Querfurtu do Jaćwingów, i skoro tutaj w dolinie Dunajca działał św. Andrzej Świerad i jego towarzysz św. Benedykt. Jednak chrześcijaństwo utwierdzone tu zostało dopiero w procesie odbudowy państwa piastowskiego, zatem za czasów Kazimierza Odnowiciela (1039-1058) i jego syna Bolesława Śmiałego (1058-1079). Najstarszy kościół wojnicki, zapewne pod wezwaniem św. Wawrzyńca, był związany z grodem. Ten zaś został wykorzystany przez powstające państwo do organizacji własnego systemu funkcjonowania takiej struktury. Stąd na grodzie obok siedziby grododzierżcy pojawili się duchowni i stało się to zapewne co najmniej pod koniec pierwszej połowy XI w. Chociaż w tym rejonie rekonstrukcja państwa polegała także na rozbudowie sieci kościołów benedyktyńskich (Tyniec), to jednak w tak ważnym grodzie jak wojnicki, zdecydowano się na stworzenie kościoła z obsługą kleru kanoniczego, tak jak w innych grodach, zależną od władcy, którą wykorzystywano nie tylko dla celów religijnych, ale także do administracji np. rejestracji danin składanych na rzecz księcia.
To ten kościół, wraz z wieloma innymi, tak urządzony, po zabiciu biskupa krakowskiego św. Stanisława, władca musiał oddać wraz z dochodami biskupom krakowskim. Stworzyło to warunki do wyodrębnienia spod gestii państwa uposażenia, opartego teraz o dziesięciny (pierwotnie części danin składanych władcy), a następnie dla rychłego uzyskania osobowości prawnej. Równolegle prowadziło to do zatraty form pierwotnej struktury, co jednak ułatwiało pozyskiwanie kolejnych uprawnień kościoła parafialnego, początkowo dla całej kasztelani wojnickiej. Działalność misyjna benedyktynów tynieckich i narastające osadnictwo rycerskie poprzez fundację nowych kościołów ograniczały zasięg obsługi duszpasterskiej i jurysdykcyjnej kościoła wojnickiego. Ten proces doprowadził do wyodrębnienia się w drugiej połowie XIII w. dekanatu wojnickiego, z tym że dziekana wyznaczał biskup spośród kleru coraz liczniejszych parafii i stąd nazwa dekanatu aż po XV w. zależała od miejsca rezydencji tego funkcjonariusza. Probostwo wojnickie dostawało się tymczasem kanonikom krakowskim i sandomierskim i z tego powodu nie obejmowali oni funkcji dziekana (taka sytuacja będzie trwała do połowy XIX w., i stąd dzisiejszy dziekan to dopiero piąty proboszcz wojnicki na tym stanowisku). Ale jeszcze długo granice dekanatu pokrywały się z zasięgiem kasztelani wojnickiej. Mimo, że pierwszy proboszcz wojnicki pojawia się w źródłach dopiero w 1326 r. (Henryk), dwór królewski pamiętał o genezie kościoła na grodzie i Władysław Łokietek, a później Kazimierz Wielki rozpoczęli starania w kurii rzymskiej o jego zwrot. Jednak dopiero w 1416 r. Władysław Jagiełło uzyskał bullę (anty)papieża Jana XXIII, który stwierdzając odbycie przez monarchów polskich pokuty za zabicie św. Stanisława, zwracał królowi polskiemu kościół m.in. w Wojniczu, co w tym czasie oznaczało już tylko przywrócenie prawa patronatu, czyli prawa przedstawiania biskupowi kandydata do objęcia beneficjum i zobowiązanie do troski o kościół.
W toku tych procesów ostatecznie ukształtowało się terytorium parafii i w pierwszej połowie XV w. obejmowała ona poza Wojniczem Biadoliny (później Biadoliny Biskupie lub Kapitulne, dziś Radłowskie), Biadoliny Rokosie (zanikły w XIX w.), Łopoń, Ratnawy, Zamoście, Łętowice, Bachwice (wieś zaginęła na przełomie XVI i XVII w.), Zakrzów, Mikołajowice, Sierochowice, Łukanowice, Więckowice, Rudkę, Grabno, Milówkę, Wielką Wieś, Sukmanie i Olszyny, zatem 19 miejscowości. Obszar jej w XIV w. szacuje Tadeusz Ładogórski na 99 km², a ludność na 1230 parafian. Terytorialnie była to największa parafia w dekanacie, porównywalna z Tuchowem i Opatkowicami (późniejszym Zakliczynem), zatem z starymi ośrodkami benedyktyńskimi, zaś liczba parafian była niemal identyczna jak w Leliwickim Tarnowie i biskupim Radłowie. Niewielki uszczerbek przyniósł 1442 r., kiedy to biskup krakowski Zbigniew Oleśnicki erygował parafię w Olszynach, włączając do niej Sukmanie. W XVI-XVIII w. przybyły wsi Dębina Zakrzowska, Dębina Łętowska, Łazy (dzisiaj część Mikołajowic), Chybie (dzisiaj część Więckowic), Serafinowice i Podgórze (dzisiaj obie są częścią Wielkiej Wsi). Wsie te nie powiększyły terytorium parafii, a były wynikiem zachodzących podziałów własności szlacheckiej. W 1924 r. włączono do parafii wojnickiej Isep i Zawodzie. Dopiero w 1922 r. podjęto myśl o podziale tak rozległej i coraz ludniejszej parafii. W konsekwencji powstała w 1938 r. parafia w Biadolinach, w 1947 r. w Grabnie, w 1951 r. w Łętowicach, w 1972 r. w Mikołajowicach i w 1982 r. w Wielkiej Wsi, zaś w r. 1982 włączono do parafii w Sufczynie wieś Łopoń. Zatem kościół wojnicki to ewidentnie ecclesia matrix dla 6 kościołów w okolicy, a formułując różne hipotezy można by liczbę tę co najmniej zwielokrotnić. Nie ma bowiem wątpliwości, że jest to jedna z najstarszych parafii w diecezji tarnowskiej.
Kler kanoniczy wywodził się z tradycji karolińskiej i posługiwał się regułą akwizgrańską, prowadząc liturgiczne życie wspólnotowe, co nie przeszkadzało w zakładaniu rodzin. Jego ścisłe związki z władcami świeckimi poprzez uposażenie nie odpowiadało już założeniom reformy gregoriańskiej i stąd biskupi szukali sposobów na przeprowadzenie zmian. W Polsce proces ten rozpoczął się pod koniec XI w. W ten sposób wydarzenia po zabójstwie św. Stanisława mieszczą się w tych poczynaniach i w nich należy upatrywać zniknięcie kleru kanoniczego z najstarszego kościoła wojnickiego i zastąpienie go klerem zależnym wyłącznie od biskupa. O takim przebiegu wydarzeń świadczy rozległość parafii, sposób uposażenia (dziesięciny i niewielka ilość ziemi), zajęcie przez duchownych całego grodziska, wielkość późniejszej jurydyki Księże, a także fakt rychłego pojawienia się wikarego wojnickiego (Stefan – 1329 r.), jak się zdaje dysponującego uposażeniem niezależnym od proboszcza (w miejsce wikarych powstało w 1460 r. kolegium mansjonarzy z własnym, wspólnym uposażeniem). Tego rodzaju organizację kleru znajdujemy na wszystkich niemal grodach kasztelańskich i w niektórych siedzibach możnowładczych. W toku reformy zamieniały się najczęściej w parafie (długo, bo aż do XV i XVI w. posiadały także kilku duchownych, zwanych tak jak prałaci w kapitułach, lub po prostu proboszczami), niekiedy rozwijały się w ciągu XIII i XIV w. w kapituły kolegiackie. Grupa wojnicka najwyraźniej nie przeszła pełnego cyklu przemian w wyniku oddania kościoła książęcego biskupowi krakowskiemu, ale też w konsekwencji aż po 1416 r. odnajdujemy tu na probostwie kanoników krakowskich czy kolegiackich, a więc ludzi zaufania biskupiego (np. Grzegorz kanonik sandomierski 1345-1354, Michał z Broniszewa kanonik krakowski i kanclerz biskupa 1387, Jan Pomeranus kanonik krakowski i archidiakon sandomierski 1387-1391, Jan z Korabowic kanonik krakowski 1391-1417). Przejście w 1416 r. kościoła w ręce królewskie nie zmieniło wiele, bo proboszczami zostają ludzie z kręgu bliskiego królom (np. Jan Biskupiec biskup chełmski 1421-1423, czy Jan z Pniowa kanonik i archidiakon krakowski 1453-1461, popierający króla w sporze o obsadę biskupstwa krakowskiego, w 1461 r. udzielający chrztu królewiczowi Aleksandrowi, przyszłemu królowi polskiemu). Niedługo po bitwie grunwaldzkiej dziedzic Więckowic fundował altarię Rozesłania Apostołów, a w 1456 r. Piotr z Brnia, dziedzic Zamościa, fundował altarię Trójcy św. Tym samym powiększała się liczba duchownych przy kościele wojnickim.
Obok mniej lub bardziej rozległego dworzyszcza włodarza-kasztelana w centrum grodu wojnickiego wznosił się kościół, zapewne pod wezwaniem św. Wawrzyńca. Znamy takie przypadki np. z Cieszyna, Siewierza, czy Giecza, aby nie powoływać się na nieźle rozpoznane budowle krakowskie, opolskie czy gdańskie. Wydaje się, że były to niewielkie świątynie w kształcie rotundy, ale należy się spodziewać i nieco większych budowli, niemal kwadratowych (bazylikowych), zakończonych absydą, jak np. w Wiślicy czy Zawichoście, ale także w Kijach (Czechów). Zawsze jednak były to świątynie niewielkich rozmiarów. Taki kościół niewątpliwie istniał także na grodzie wojnickim, być może najpierw w postaci rotundy, później rozbudowanej do formy bazylikowej. Niewątpliwie w tym kościele w 1239 r. św. Kinga złożyła przyrzeczenie, że w przyszłości zawrze małżeństwo z księciem Bolesławem Wstydliwym (matrimonium pro futuro). Dziś jedyny ślad materialny tego kościoła, jak to ustalił Józef Edward Dutkiewicz, to Pietà wojnicka z początku XIV w., odnaleziona w kapliczce u stóp grodu pod koniec XIX w., znajdująca się w Muzeum Diecezjalnym w Tarnowie. Nie ma powodu wątpić, że przed tą Pietą modliła się w 1384 r. święta królowa Jadwiga w czasie swego pobytu w Wojniczu. Drugi ślad romańszczyzny wojnickiej to fundamenty gotyckiej zakrystii, gdzie niewątpliwie znajdują się wtórnie użyte wyraźnie romańskie, obrobione kamienie (opus emplectum).
Obmywając Wysoczyznę Wojnicką jeszcze w XIV i XV w. płynął u stóp grodu dziki Dunajec. Wojnicka kotlina tej rzeki do dziś kryje swą historię, dzieje jej meandrowania. Ale badania ks. Romana Darowskiego wykazały, że Pińczów, pola leżące między Wojniczem (Zamościem) a Zawodziem, to dawna wieś Wola Pelczowska (Pilczowska) z kościołem, w początkach XV w. zniszczona doszczętnie w czasie powodzi, tak że nowy kościół odbudowano w Jodłówce (dzisiaj część Szczepanowic). W pierwszej połowie XV w. Dunajec tak zmienił swoje koryto, że wyłoniła się wyspa, na której rychło powstała nowa wieś Isep. W 1639 r. Dunajec odsłonił role na Odspisku, zaś Dunajczysko coraz częściej oznaczało nie jezioro, ale uprawne zagony. Ta wielka powódź z pierwszej połowy XV w. w znakomitym stopniu podmyła także gród i bez wątpienia nadwyrężyła i zagroziła znajdującemu się na nim kościołowi. Powstała sytuacja domagała się wzniesienia nowego kościoła.
