Po śmierci ks. Jana Duwalla w 1796 r. władze austriackie zlikwidowały w kolegiacie wszystkie beneficja proste, a zatem kapitułę, ale i kolegium mansjonarzy. Pozostawiono tylko beneficjum prepozyta, zamieniając je na proboszczowskie, obsadzane w drodze konkursu. Królewskie prawo patronatu przekazano Fortunatowi Dąmbskiemu, który wykupił starostwo wojnickie i stąd miał prawo przedstawiać trzech kandydatów, spośród których biskup wybierał jednego. Kolejni proboszczowie uchodzili za ludzi dobrze uposażonych zwłaszcza że często przyjmowali prywatnie biskupów tarnowskich, ale długo nie mogli uzyskać zgody na obsadzenie stanowisk wikarych (w końcu powstały dwa etaty, a pod koniec XIX w. etat katechety w miejscowej szkole). Mimo to plebania długo była miejscem wysokiej kultury, gdzie czytano klasyków i prowadzono rozmowy intelektualne. Ustawodawstwo państwowe nadawało nowe kształty duszpasterstwu. Ks. Paweł Białobrzeski, chyba nie bez wpływu zamojskiego dworu Dąmbskich, gdzie zbierali się emisariusze przygotowujący powstanie narodowe, prowadził z rozmachem akcję abstynencką, w 1846 r. wzywał do powstrzymania się od wystąpień rabacyjnych i w konsekwencji trafił do więzienia.
Poważne zmiany przyniosły wydarzenia polityczne z okresu wiosny ludów. Beneficjum wojnickie utraciło wówczas dziesięciny i komorników, zamieszkujących na Księżym. Proboszcz musiał prowadzić duże gospodarstwo rolne, ale także umiejętnie gospodarować dochodami iura stolae. Sytuację ułatwiały znaczące dotacje płynące z funduszu religijnego aż do czasu drugiej wojny światowej. Obowiązek utrzymania kościoła spadł na parafian, którzy w ramach tzw. konkurencji mieli w zależności od dochodów dostarczać w tym celu odpowiednie środki.
Dopóki za kościół kolegiacki odpowiadał Błażej Gwiazdoń (†1889 r.), nie podejmowano żadnych prób ingerencji, mimo, że wykonywano różne prace zabezpieczające substancję budowli i jej wyposażenia. W 1870 r. do tych prac został zaangażowany budowniczy Karol Polityński, który miał duże wyczucie wartości histoycznych zabytków i z zamiłowaniem uprawiał historyzujące style w swych pracach. Dopiero kolejny proboszcz Józef Rosner (1889-1911) podjął inwestycje w kolegiacie. W ich konsekwencji zostały zniszczone i zatynkowane freski Jana Nayderfera z 1767 r., istotny element wystroju kolegiaty. W to miejsce pojawiła się bezideowa polichromia figuralno-ornamentalna Adolfa Gucwy (1892-1893). Co więcej, już wówczas obrazom świętych polskich w nawie odebrano charakter nastaw ołtarzowych, a na filarach pojawiły się w 1902 r. wykonane przez Wojciecha Samka z Bochni rzeźby członków kolegium apostolskiego, nawiązujące do idei uniwersalizmu chrześcijańskiego (programy często realizowane w kościołach niemieckich). W prezbiterium o losach pierwotnej polichromii zadecydowały zniszczenia w 1915 r., ale także prace rekonstrukcyjne przeprowadzone w 1923 r.
Wręcz istotne zmiany przyniosły inwestycje zaprogramowane przez ks. Jana Rzepkę, proboszcza w latach 1928-1969. Dokonywane one były w odmiennych okolicznościach. Wielkość terytorialna parafii wojnickiej od połowy XV w. nie ulegała zmianom, ale przyrost demograficzny kilkakrotnie się powiększył a rozległość budowli sakralnej nie stwarzała dogodnych warunków dla pomieszczenia tej liczby ludzi. Prace budowlane zaprojektował i nadzorował warszawski architekt Zdzisław Mączeński. W wyniku prac wykonanych do 1939 r. uległ przebudowie skarbiec i tzw. stara zakrystia (od południa przy prezbiterium wzniesiono nową zakrystię, nawiązującą do historycznych wzorów). Najważniejsze jednak było to, że koncepcja dobudowy naw bocznych wymusiła wybicie prześwitów do nawy głównej. W ten sposób zlikwidowano miejsce dla obrazów świętych polskich, które pozostały po pierwotnych ołtarzach. W 1754 r. zbudowano kruchtę i nakryto ją łamanym dachem, którą rozebrano w 1930 r. gdyż myślano o budowie wieży, którą zaprojektował Zdzisław Mączeński. Ten sam architekt zaprojektował i w 1935 r. zbudował sygnaturkę z podwójną latarnią, krytą miedzią. Była ona zapowiedzią kształtów wieży, której projekt nie został zrealizowany.
Konieczność szybkiego wykonania innych prac i okupacja niemiecka, oraz powojenne odkrycie fresków Nayderfera, wstrzymały realizację tych zamiarów. Odkrycie i zabezpieczenie fresków zwróciły uwagę na walory zabytkowe kościoła wojnickiego. W tej sytuacji kolejni konserwatorzy nie wyrażali zgody na realizację projektu budowy wieży, przygotowanego przez Mączeńskiego. Ostatecznie wyrażono zgodę na odbudowę kruchty, przymykając oko, iż projekt przygotowany przez architekta Antoniego Mazura, jest tak pomyślany, że może ona stanowić część przyszłej wieży i stąd użyto dachu namiotowego a nie łamanego, jak było pierwotnie. Budowlę wykonano w latach 1958–1960. Dziś stanowi ona dwie kondygnacje wieży, którą ostatecznie zbudowano w latach 1997-2001, nadając jej nowy kształt, bardziej konsekwentny stylistycznie. Projekt nowej wieży przygotował architekt Otto Schier z Tarnowa. Jest to budowla wysoka na 50 m, pięciokondygnacyjna z barokową banią, na której wznosi się dwukondygnacyjna latarnia, zwieńczona krzyżem.
Wkrótce po zakończeniu drugiej wojny światowej powstała koncepcja zastąpienia polichromii Gucwy nową. W trakcie przygotowywania murów pod nowe malowidła zaczęły odpadać tynki położone przed 1892 r. i odsłaniać fragmenty fresków Nayderfera. Odkrycie to skłoniło ówczesnego konserwatora wojewódzkiego Józefa Edwarda Dutkiewicza do podjęcia zdecydowanych kroków: nakazał wstrzymanie projektowanych prac, doprowadził do odsłonięcia wszystkich fresków Nayderfera a przy pomocy badań środowiska krakowskich historyków sztuki szybko ustalono autorstwo krakowskiego malarza, a przede wszystkim określono wartość ideową i artystyczną odsłoniętego zabytku. Podjęto decyzje o pracach konserwatorskich, które zlecono Maciejowi Makarewiczowi, artyście krakowskiemu. W badania fresków włączył się także ówczesny dyrektor Muzeum Diecezjalnego w Tarnowie ks. Władysław Smoleń. Dzięki temu uzyskano wysoki poziom efektów konserwatorskich. Mimo to nie uniknięto pomyłek, a to w wyniku braku rozeznania w programie Załuskiego – Duwalla. Tak np. scena figuralna druga od chóru muzycznego, niemal zupełnie zniszczona w 1892 r., niewątpliwie pierwotnie przedstawiała św. Stanisława Kostkę patrona biskupa Załuskiego (wskazuje na to zachowany rąbek sutanny jezuickiej i symbol niewinności – biała lilia), a nie jak to zrekonstruował Karol Pustelnik św. Jana Kantego, skoro w tejże nawie znajdował się ołtarz z obrazem tegoż świętego. Istotne jednak jest to, że przywrócone zostały zabytkowe freski, dziś trudne do interpretacji, jeśli nie uwzględniać ich genezy, czego był świadom ich konserwator Maciej Makarewicz.
Dzieło Nayderfera w prezbiterium kolegiaty zostało doszczętnie zniszczone i wymagało uzupełnienia. Zadania tego podjął się Maciej Makarewicz i swoje prace ukończył w 1952 r. Na północnej ścianie prezbiterium umieścił w przęsłach podtrzymywane przez anioły trzy wielkie obrazy Kuntzego (Konicza): Św. Stanisława biskupa, Św. Wojciecha i Św. Jana Kantego. Mimo woli przywracał częściowo i inaczej realizację programu biskupa Załuskiego. Pod obrazami artysta umieścił cykl eucharystyczny obrazów w ramach naśladujących Nayderfera, przedstawiających zapowiedź i ustanowienie mszy św.: ofiara Abla, Izaaka, Melchizedecha, cudowne rozmnożenie chleba i ostatnia wieczerza. Na południowej stronie prezbiterium artysta między oknami rozmieścił sceny maryjne Zwiastowania NMP, Bożego Narodzenia, pokłon pasterzy i Wniebowzięcia NMP. Freski prezbiterium współgrają z dziełem Nayderfera poprzez zastosowanie analogicznych pigmentów, oraz ornamentyki rokokowej, zachowując mimo to impresjonistyczny styl, właściwy indywidualności artysty, szczególnie widoczny w cyklu maryjnym.
W 1934 r. zakończono budowę eklektycznych naw bocznych według projektu architekta Zdzisława Mączeńskiego. Uzyskały one podzielone na trzy pola sklepienia kolebkowe, co nadaje im barokowy kształt harmonizujący z nawą główną. Okna okrągłe oszczędnie wykorzystują przestrzeń. Na wewnętrznych ścianach naw, w rogach przy prześwitach do nawy głównej, rozmieszczono wysokie na 1,2 m, snycerskie wolno stojące rzeźby członków kolegium apostolskiego, opatrzone stosowną polichromią, wykonane przez Wojciecha Samka z Bochni w 1902 r. Równie oszczędnie w 1954 r. Maciej Makarewicz wykonał polichromię nawiązującą do fresków Jana Nayderfera. Główną ich strukturę stanowią stacje Drogi Krzyżowej, po siedem w każdej nawie. Artysta nie skrępowany koniecznością naśladowania Jana Nayderfera, a tylko do jego dzieła nawiązujący, ujawnił tutaj nie tylko maestrię swego talentu, ale także upodobania artystyczne a w konsekwencji otrzymaliśmy nieprzeciętnej wartości polichromię, godną szerszego upowszechnienia.
*
Tymczasem okazało się, że freski ponownie niszczeją, atakowane przez wilgoć oraz grzyby i wymagają spiesznej konserwacji. Niewątpliwie stało się tak w konsekwencji naruszenia układu wodnego w wyniku niekompetentnie zaprojektowanych prac niwelacyjnych i innych inwestycji wykonanych w otoczeniu kolegiaty w latach trzydziestych XX w. Po wstępnym uporządkowaniu niwelacji, w latach 2000–2004 Krystyna i Łukasz Stawowiakowie z Krakowa przeprowadzili ponowną konserwację fresków, koncentrując się na przebadaniu warsztatu Nayderefera, właściwym odczytaniu sposobu malowania i używanych przez artystę pigmentów. Przy okazji usunięto nawarstwienia konserwacji z lat 1948–1953, zaś w rekonstrukcjach przywrócono barokowy charakter malowidła Nayderfera. Freski zabłysły nowym blaskiem.
Do wieży, a właściwie do kruchty wchodzimy przez wykonane w brązie drzwi, nawiązujące w swej koncepcji do drzwi z katedr w Gnieźnie i Płocku i umieszczone w portalu, wykonanym z piaskowca. Koncepcję wypracował ks.Władysław Szczebak, ówczesny dyrektor Muzeum Diecezjalnego w Tarnowie, a zaprojektował je i wykonał w 2005 r. Jacek Kucaba. Na prawym skrzydle drzwi umieszczona została w iluzjonistycznym obramieniu postać św. Kingi, zaś na lewym w takimże obramieniu postać św. Jadwigi. Również wejścia do małych krucht naw bocznych zostały opatrzone podobnymi drzwiami, jak wejście do wieży, zaprojektowanymi i wykonanymi przez Jacka Kucabę w 2005 r. Nawa prawa otrzymała drzwi brązowe poświęcone św. Szczepanowi. Drzwi do lewej nawy z męczeństwem św.Wawrzyńca. W tym samym czasie, w 2005 r., powstały drzwi do skarbca i starej zakrystii, umieszczone w przedsionku-wiatrołapie. Projektantem jest także Jacek Kucaba. Na drzwiach w owalu umieszczono popiersie Jana Duwalla prepozyta wojnickiego i realizatora rekonstrukcji kolegiaty.
Na wieży, obok zegarów z napisem WOJNICZ, odmierzających czas dla czterech stron świata, zawieszono trzy dzwony tonacji H-mol z identycznymi bordiurami roślinnymi na koronach, ale z różnymi inskrypcjami, wykonane w 1960 r. w odlewni Jana Felczyńskiego w Przemyślu. I tak dzwon wielki ważący 720 kg, w tonacji Fis, nosi wyobrażenie św. Józefa. Dzwon średni ważący 444 kg, w tonacji H, ma wyobrażenie świętych patronów Polski – św. Wojciecha i św. Stanisława biskupa. Dzwon mały ważący 221 kg, w tonacji D, ozdobiony jest postacią świętego patrona parafii i miasta – św. Wawrzyńca.
*
Do prezbiterium, zważywszy właściwość stylistyczne architektury, już w trakcie odbudowy kolegiaty dobudowano Ogrojec. Jest to wnęka hemisferyczna, zakończona dachem łamanym nad kolistą arkadą Rozmieszczone we wnęce figury Chrystusa i apostołów zdają się nosić znamiona właściwe dla sztuki ludowej (sygnatura i data odnoszą się do restauracji obiektu).
