Jeśli dobrze penetrować ukształtowanie terenu od południa wzdłuż wałów miejskich ku ulicy Tarnowskiej, nie trudno stwierdzić, iż jest to dawny teren zalewowy Dunajca, a zatem że rzeka we wczesnym średniowieczu obmywała niemal dzisiejszą ulicę, ale w okolicy kościoła św. Leonarda. Zwróćmy uwagę, ze Kinga dokumentem z 1278 r. zwalniała od cła w Wojniczu, Korczynie i Opatowcu mieszczan sądeckich, ale tych, którzy rzekę wykorzystywali jako szlak handlowy. To by wskazywało na wagę przystani rzecznej w Wojniczu a wolno przypuszczać, że stawała się ona ważnym punktem wymiany handlowej, skoro tutaj pobierano cło. Tym samym to ona stawała się jądrem podgrodowej osady, która była zaczynem lokacyjnego miasta. Być może tutaj wędrujący kupcy musieli płacić cło, a ruch na komorze celnej zdaje się był duży. Stąd też kościół św. Leonarda i szpitala, które tutaj się znalazły budzą zaciekawienie.
Oba obiekty, kościół św. Leonarda i szpital, znalazły się za wałami miejskimi, a zatem tak, jak zwykło się to dziać w miastach lokacyjnych. W dokumencie porządkującym status kościoła św. Wawrzyńca w 1460 r. zanotowano, że jeden spośród mansjonarzy będzie zobowiązany do opieki nad szpitalem, odprawiając tam mszę raz w tygodniu. Zatem jakaś kaplica czy kościół już wówczas istniała obok szpitala. Na mansjonarzy od św. Wawrzyńca nakładano w 1460 r. obowiązki, które do tej pory spełniali wikarzy. Zatem pozwala nam to cofnąć metrykę obu instytucji co najmniej do czasu, gdy pojawiają się w Wojniczu wikarzy, czyli w głąb XIV w. Ale to oznacza, że duchowni obsługujący kościół na grodzie już mieli obowiązek dbać o szpital miejski i jego kościół. Wezwanie jego, św. Leonard, jest zaś charakterystyczne. To święty czczony szczególnie w kręgu benedyktynów, także na terytorium kasztelanii wojnickiej, w benedyktyńskiej Kleci, która z tego powodu dość rychło nawet ściągała pielgrzymów. Punktów działalności benedyktynów, oczywiście tynieckich, na terytorium kasztelanii można odnaleźć więcej, a z ostatnich badań nad dziejami zakonu w Polsce wynika, że było to zjawisko sięgające głęboko w XI i XII w. Czy w tej sytuacji mogło zabraknąć benedyktynów w Wojniczu, regionalnym centrum ówczesnej administracji państwowej? Przecież poddani opata tynieckiego ponoszą jakieś świadczenia na rzecz kasztelana wojnickiego i dopiero Bolesław Wstydliwy zwolnił ich w 1258 r. z tego obowiązku. Nie bez przyczyny jednak benedyktyni uzyskali możność partycypowania w dochodach księcia. Czy zatem wolno obojętnie przejść wobec tradycji, że kościół św.Leonarda powstał w 1209 r., tak jak i tej, że przyniosła go woda wzburzonego Dunajca? Ta ostatnia ramota ludowa przecież mimo woli wiąże kościół z przystanią rzeczną, o której już wiele wiemy. Jeśli zaś benedyktyni nie trafili na gród wojnicki, to zapewne dlatego, że tamtejszy kościół już był należycie zorganizowany, a jego perypetie dowodzą, że spełniał ważną rolę w polityce księcia i biskupa. Tak więc benedyktyni tynieccy zagospodarowali inną część Wojnicza wczesnośredniowiecznego, ale też gdy miasto przenoszono w rejon dzisiejszego rynku, nie przestano korzystać z posługi tego kościoła, nie wznosząc już kolejnego w kręgu lokacyjnym. W miarę jednak ustępowania benedyktynów narastające obowiązki parafialne w stosunku do miasta przeniesiono do kościoła na grodzie, a potem do gotyckiego wzniesionego na podgrodziu. Kościół zaś św. Leonarda zaczęto wiązać z tak ważną instytucją miejską, jaką był szpital. Czy ten proces tak wyglądał nigdy jednak nie zyskamy pewności, choć analogiczny proces obserwujemy np. w nieodległych, benedyktyńskich początkowo Ciężkowicach.
Jak już wiemy kościół ten przeszedł poważną reorganizację w 1460 r., kiedy postanowiono że będzie tu odprawiał mszę raz w tygodniu jeden z mansjonarzy. Kolejna zmiana nastąpiła w 1521 r., kiedy powstała altaria św.Anny a jej altarysta został zobowiązany do odprawiania w kościele szpitalnym jednej mszy tygodniowo. Jeszcze na przełomie XVI i XVII w. były odprawiane dwie msze. Wizytujący kolegiatę w 1597 r. daje stosunkowo dokładny opis kościoła, stwierdzając jego zasobność i dobry stan budowli. Niemniej już w 1604 r. słyszymy o jakichś pracach budowlanych, które finansują mieszczanie Małgorzata i Zygmunt Zmarzli. Pracom tym zdaje się w zgodzie z opisem z 1597 r. odpowiadać datacja na 1603 r. (choć odczyt tej daty nie jest jednoznaczny i paleografowie raczej widzą tutaj datę 156[.] lub 1589) obrazów w ołtarzu głównym: Nawiedzenie św. Elżbiety przez Marię, w skrzydłach św. Heleny i św. Urszuli, a w zwieńczeniu nastawy św. Leonarda. Zespół ten budzi zainteresowanie historyków sztuki i konserwatorów. Dotąd badania i konserwację wykonano w stosunku do dwóch obrazów: św. Leonarda i św. Heleny. Byłoby rzeczą przedwczesną kusić się o określenie miejsca obrazów w malarstwie małopolskim, ale niewątpliwie mamy do czynienia z malarstwem gotyzującym, być może związanym z warsztatami krakowskimi. Kolejne prace budowlane zanotowano w 1734 i 1735 r., tym razem finansowane nie tylko przez mieszczan, ale także przez okolicznych chłopów. Nie wiemy jaki był ich zakres, ale z pewnością miały wzmocnić substancję budowli i jej wyposażenie. Podczas wizytacji biskupich stale jest nadal podkreślana troska o dobry stan kościoła. W 1725 r. biskup Felicjan Konstanty Szaniawski wyraził zgodę na włączenie altarii św. Anny do altarii św. Krzyża. Decyzja została zrealizowana dopiero w 1745 r. i wówczas podjął obowiązki przy kościele nowy altarysta. Ostatecznie altaria została zlikwidowana w 1785 r.
W przypadku, gdy w kolegiacie nie można było sprawować oficjum (np. po pożarze w 1752 r.), nabożeństwa przenoszono do św. Leonarda. Ten ostatni przypadek spowodował, że jeszcze w kilka lat po odbudowie świątyni kolegiackiej, rada miejska tutaj organizowała swe wotywy, zwłaszcza poprzedzające nowe wybory. Tak jak przy kolegiacie, tak i tutaj funkcjonował przy kościele niewielki cmentarz, przeznaczony głównie dla zmarłych pensjonariuszy szpitala, ale nierzadko wybierali sobie tutaj miejsce wiecznego spoczynku i mieszczanie. Zlikwidowany został w 1784 r.
Niemniej w połowie XIX w. kościół był już w znacznej ruinie. Ks. Błażej Gwiazdoń na początku lat osiemdziesiątych podjął myśl restauracji i w tym celu w kościele parafialnym podczas nabożeństw zebrano 500 złr., a najjaśniejszy cesarz dał 150 złr, zaś miasto dołożyło się kwotą 250 złr. Jednakże dopiero pomoc finansowa Tomasza Bodziocha, którego rodzina jest notowana w Biadolinach już w połowie XVIII w. (wyłożył na odbudowę kościoła ponad 3000 złr.), pozwoliła uzyskać efekty, które oglądamy do dziś, a kosztowało to w sumie 2572 złr. Uroczyście poświęcono odbudowany kościół 6 XII 1886 r. i wówczas też założono portatyl (kamień z relikwiami) na nowo zbudowany wielki ołtarz.
Mimo nawarstwiających się przebudowań kościoła można w budowli dostrzec jej pierwotną strukturę gotycką (np. charakterystyczne wejście do kościoła od południa). Dzisiaj prezentuje się jako budowla drewniana o zrębowej konstrukcji ścian, zabezpieczonych pionowym szalowaniem. Wysoki dach jest pobity gontami a pośrodku wznosi się mała wieżyczka na sygnaturkę. Wewnątrz prostokątne prezbiterium zakończone trójboczną absydą, szersza prostokątna nawa, nieco węższy przedsionek, nad którym zbudowano chór muzyczny. Od północy, przy prezbiterium, mała zakrystia. Prezbiterium, tak jak i nawa, wewnątrz podbite pozornym sklepieniem kolebkowym o spłaszczonych łukach, wzmocnionym wzdłużnie biegnącymi profilowanymi podciągami. Wewnątrz urządzono trzy pseudorenesansowe ołtarze, których nastawy zbudował Walenty Lisieński z Brzeska. Główny ołtarz to obrazy z 1603 r., zaś w prawym bocznym umieszczono obraz św. Kingi pędzla Floriana Cynka, współpracownika Jana Matejki, znanego z wielu przedstawień ksieni sądeckiej, której relikwie znajdują się w tym właśnie ołtarzu.
*
Tuż za kościołem znajdowały się zabudowania szpitala. Pierwsza o nim wzmianka pochodzi z 1460 r., ale niewątpliwie funkcjonował już w XIV w. Była to instytucja miejska, pozwalająca dożywać ludziom pozbawionym pomocy rodziny, ale także kalekom itp. Szpital przeznaczony był na utrzymanie 12 osób (w 1602 r. jednak przebywało tu 3 mężczyzn, 8 kobiet i 3 sieroty). Środków utrzymania dostarczała rada miejska a płynęły one z różnych darowizn i fundacji wojniczan. Ponadto szpital dysponował ogrodami i 15 morgami roli, które najczęściej były wydzierżawiane. Niemniej w stajniach przyszpitalnych hodowano krowy ze względu na uzyskiwane mleko, niekiedy także konie. Nadzór nad administrowaniem szpitala przez wynajmowanego gospodarza sprawowali prowizorzy, powoływani przez radę miejską z udziałem kapelana szpitala, który dysponował własnym domem, zazwyczaj wydzierżawianym. W konsekwencji jednak dochody szpitala stale się kurczyły, tak że w 1860 r. można było utrzymać zaledwie 6 pensjonariuszy. W konsekwencji zdecydowano się w 1864 r. szpital przenieść do domu przy ulicy Jagiellońskiej (obok dzisiejszego komisariatu policji), kupując go za 460 złr. W 1866 r. zgodnie z specjalną ustawą cały majątek stał się własnością miasta i ono też przejęło wyłącznie na siebie obowiązek utrzymania domu i zapewnienia pensjonariuszom środków do życia. Szpital został zlikwidowany w czasie drugiej wojny światowej, dom rozebrano, a gotycki krucyfiks, który zawsze wisiał na szpitalu, trafił po perypetiach do rąk prywatnych.
