Ślady osadnictwa w rejonie Wojnicza sięgają nawet 8 tysięcy lat przed Chrystusem i od tego czasu raczej nie zanikają, chociaż trudno wykazać ich ciągłość. Osadnictwo przybiera na sile w VIII-IX w., a w X w. osada wojnicka zmienia swój charakter i znaczenie przez fakt powstania grodu osadzonego przez wojów państwa plemiennego, a następnie polskiego. Wtedy też kształtuje się nazwa – Wojnicz – wywodząca się od słowa woj, członek drużyny książęcej. Od początku istnienia gród i związana z nim osada odgrywają ważną rolę, która jeszcze bardziej wzrasta w X w., kiedy zyskały one charakter organizacji protokasztelańskiej.Włodarz (grododzierżca) wojnicki posiadał dość duże kompetencje i w imieniu władcy zarządzał bardzo rozległym terenem (od Raby po Wisłok i Ropę, od Wisły po Pieniny, dolinę Dunajca i Popradu), a także kontrolował i zabezpieczał ruch na szlaku handlowym z Krakowa do Przemyśla oraz z Węgier na północ. To położenie na skrzyżowaniu szlaków handlowych wpływało w przeszłości w znaczny sposób na rozwój Wojnicza. Od XI w. istniał też kościół grodowy, który po zabójstwie św. Stanisława przeszedł na własność biskupów krakowskich (pod patronat królewski wrócił dopiero w XV w.). W XII w. wykształciła się rozległa kasztelania wojnicka i jest to kolejny awans Wojnicza. Pierwszy znany kasztelan wojnicki Symil występuje w źródłach w 1217 r. Do dzisiaj zachowały się fragmenty wałów kasztelańskich zaliczane do II grupy zabytków.
W 1239 r. w Wojniczu odbywał się zjazd możnowładztwa małopolskiego z okazji powitania Kingi, córki króla węgierskiego, późniejszej żony Bolesława Wstydliwego. Musiał wtedy Wojnicz zyskać jakieś przywileje i najprawdopodobniej postanowiono przekształcić go w miasto. Nie wiemy dokładnie kiedy Wojnicz stał się miastem, gdyż nie zachował się akt lokacyjny, ale na pewno pomiędzy rokiem 1239 a 1278, kiedy w dokumencie księżnej Kingi jest wymieniany jako miasto. Należy więc Wojnicz do najstarszych miast w południowo-wschodniej Polsce. Założony był na prawie średzkim.
Około połowy XIII w. utworzono dekanat wojnicki. W pierwszej połowie XIV w. Wojnicz staje się siedzibą powiatu, który będzie funkcjonował do XVI w., równocześnie zmniejszyło się znaczenie kasztelana wojnickiego w zarządzie terytorialnym państwa, ale wzrosła jego rola przy boku króla w radzie królewskiej, a później w senacie. W następnych wiekach będzie on zaliczany do kasztelanów większych, którzy zasiadają w senacie na krzesłach, a nie na prostych ławach i zostanie mu wyznaczone pośród nich czwarte miejsce. Ta wysoka pozycja kasztelana wojnickiego wynika zapewne z dużej roli kasztelanii wojnickiej w XII i XIII w.
W 1349 r. król Kazimierz Wielki na prośbę wójtów wojnickich przenosi miasto z prawa średzkiego na magdeburskie, co wzmacnia pozycję mieszczan. Z początku XIV w. pochodzi najstarsza rzeźba małopolska Pietă Wojnicka (obecnie znajduje się w Muzeum Diecezjalnym w Tarnowie), być może wykonana w miejscowym warsztacie. W 1394 r. odwiedziła Wojnicz królowa Jadwiga. W tym czasie miasto liczyło około 400 mieszkańców. Na przełomie XIV i XV w. doszło do wielkich wylewów Dunajca, w wyniku których znacznej zmianie uległo koryto (odsunęło się w kierunku południowo – wschodnim, a w zakolu powstała wieś Isep) i przede wszystkim naruszona została wschodnia część grodu wojnickiego, co doprowadziło zapewne do budowy w połowie XV w. nowej gotyckiej świątyni.
Wieki XV i XVI to bardzo dobry okres w dziejach miasta. Rozwija się rzemiosło, kwitnie handel dalekosiężny i lokalny, które kontroluje komora celna, ściągająca rozliczne cła i opłaty, płacone na rzecz króla. Handel lokalny regulował przywilej Kazimierza Jagiellończyka z 1452 r., zezwalający na poniedziałkowe targi, funkcjonujące niemal do dziś. Handel regionalny regulowały m.in. przywileje na jarmarki doroczne z 1472 r. na św. Zygmunta (2.V), św. Wawrzyńca (10.VIII) i św. Agnieszki (21.I) później pomnożone w 1611 r. przez Zygmunta III na św. Michała (29.IX) i w 1669 r. przez Michała Wiśniowieckiego na niedzielę Invocavit (pierwsza niedziela wielkiego postu) i św. Jana Chrzciciela (24.VI). Wzrasta ranga wojnickiego kościoła (budowana jest nowa świątynia, która zyskuje status kolegiaty) i przede wszystkim wysoki poziom prezentuje szkolnictwo. Jego początki sięgają XIV w., kiedy powstała w Wojniczu szkoła parafialna. Musiała mieć niezły poziom, skoro w 1400 r. wśród pierwszych studentów Akademii Krakowskiej był Wojciech, syn Dominika z Wojnicza. W XV i XVI w. wielu synów mieszczan wojnickich studiuje na Akademii, niektórzy z nich są jej profesorami, a nawet dziekanami. Wielu duchownych w Krakowie wywodzi się z Wojnicza, jak np. spowiednik królowej Jadwigi – Piotr z Wojnicza. Wszystko to dobrze świadczy o aspiracjach mieszczan i poziomie wojnickiej szkoły, która znajdowała się obok kolegiaty, w rejonie dzisiejszej bramy prowadzącej na plac przykościelny.
W Wojniczu odbywały się roki sądowe, sejmiki szlacheckie i zbierało się pospolite ruszenie. W 1521 r. król Zygmunt Stary zezwolił mieszczanom na budowę mostu na Dunajcu, a w 1530 r. na założenie Cechu Wielkiego skupiającego różne rzemiosła, zaś w 1558 r. król Zygmunt August zabronił kupcom jadącym do lub z Krakowa pomijać Wojnicz. Z XVI w. pochodzą też pierwsze wzmianki o dzwonnicy i ratuszu miejskim w rynku – piętrowym, z wieżą, dzwonem i zegarem. Nawierzchnię ulic utwardzały drewniane bale a Stradomka (obecnie Więckówka) płynęła od Zamościa, pomiędzy kolegiatą a dzisiejszym domem Akcji Katolickiej, zasilając stawy prepozyta i starosty. Bieg rzeki zmieniono w początkach XVII w. i do połowy XIX w. płynęła ona w rejonie dzisiejszej ulicy Rolniczej. W 1581 r. Wojnicz zapłacił szosowego 64 floreny, posiadał 3 łany miejskie, 1 koło zakupne, 6 piekarek, 3 rzeźników, 5 szewców, 2 kowali, 2 ślusarzy, 2 garncarzy, 2 krawców i 16 komorników.
Od II połowy XVI w., między innymi w wyniku niekorzystnego dla miasta systemu zarządzania przez starostów, zaczyna podupadać rzemiosło, a tym samym i rola Wojnicza. W XVII w. dochodzą jeszcze zniszczenia z czasów potopu szwedzkiego, którym miasto uległo nie tyle w czasie bitwy ze Szwedami pod Wojniczem (3.X.1655 r.), ile w dwa lata później, kiedy idące na pomoc Szwedom wojska księcia Siedmiogrodu Rakoczego złupiły i spaliły Wojnicz, który w 1662 r. liczył zaledwie 423 mieszkańców. Ponowne wojenne zniszczenia przeżyje miasto w początku XVIII w., kiedy w 1702 r. odmówiono Szwedom płacenia kontrybucji, a ci w odpowiedzi podpalili miasto w kilku jego rejonach. Chcąc podnieść miasto w 1718 roku król August II nadał przywileje na jarmarki w piątą niedzielę po wielkanocy, niedzielę po św. Bartłomieju (24.VIII), niedzielę po św. Gawle (16.X) i w drugą niedzielę adwentu. W 1754 roku król August III zezwolił na jarmarki w niedzielę starozapustną, niedzielę środopostną, na św. Marii Magdaleny (22.VII) i św. Jana Ewangelisty (27.XII).
Ożywienie przynosi II połowa XVIII w. W 1751 r. biskup krakowski Stanisław Kostka Załuski utworzył archidiakonat wojnicki, składający się z dwóch dekanatów wojnickiego i lipnickiego, który w 1765 r. biskup krakowski Kajetan Ignacy Sołtyk powiększył o cztery dalsze dekanaty: biecki, bobowski, jasielski i żmigrodzki. Tym samym Wojnicz stawał się ważnym centrum kościelnym, skutecznie konkurującym z Tarnowem. Nie bez przyczyny jarmarki odbywały się teraz nawet osiem razy w roku i to już bez specjalnych przywilejów królewskich – po prostu sytuacja gospodarcza wymusza tego rodzaju postępowanie (były to jarmarki na św. Fabiana i Sebastiana – 20.I, w niedzielę wstępną postu, w niedzielę środopostną, na św. Jana Chrzcicile – 24.VI, na św. Wawrzyńca – 10.VIII, na Narodzenia NMP – 8.IX, na św. Łukasza – 18.X, na św. Marcina – 11.XI i na ostatnią niedzielę adwentu). W mieście odbudowano spalony ratusz i kościół (spłonął w nocy 23 III 1752 r.). Rozwija się rzemiosło (37 warsztatów skupionych w Cechu Wielkim), a kupcy wojniccy docierają na Węgry. Rozkwita znowu wojnicka szkoła. Tę dobrą passę przerwał I rozbiór Polski. W 1785 r. Wojnicz liczył 125 domów oraz 19 domów na Księżem (poddani prepozyta) i 679 morgów gruntu (w tym kościelnego 66 morgów, miejskiego 204 morgi, mieszczańskich 407 morgów). W 1808 r. było 956 mieszkańców, 171 domów a w nich 246 izb. Upadek znaczenia miasta przypieczętowało wybudowanie linii kolejowej, która niestety ominęła Wojnicz.
W czasie zaborów wojniczanie dobrze wpisali się w dzieje naszego narodu. Brali udział w wielkich narodowych powstaniach (listopadowym i styczniowym), mimo iż wybuchały one w innym zaborze. Udzielali powstańcom pomocy, a we dworze Dąmbskich w 1846 r. odbywały się narady spiskowców, przez co właściciel i miejscowy ksiądz proboszcz zostali aresztowani. Władysław Jordan brał udział w walkach na Węgrzech (1848-1849) jako adiutant gen. Józefa Bema, a następnie był aktywnym działaczem emigracyjnym. Jego grób znajduje się na wojnickim cmentarzu.
W II połowie XIX w. dokonują się przemiany społeczne i gospodarcze, które rozpoczynają powolny proces odradzania się miasta, zwłaszcza rzemiosła i handlu oraz rozwój nowoczesnych usług administracyjnych. Powstaje sąd powiatowy (później grodzki), urząd pocztowy, apteka, straż pożarna, Kasa Raiffeisena (prekursor późniejszego banku) a rzemieślnicy skupiają się w Stowarzyszeniu Przemysłowym Połączonych Rękodzielników. Wybudowano nową murowaną plebanię, budynki szkolne (jeden w latach 1869-1870, drugi w 1913 r.), a Dąmbscy wznieśli neogotycki pałac na Zamościu oraz duży i rozwijający się browar, uruchomiony w 1867 r. Od końca XIX w. bardzo aktywnie działa Towarzystwo Gimnastyczne „Sokół”i zapewne dzięki jego patriotycznemu wpływowi z małego Wojnicza aż 11 mężczyzn poszło w 1914 r. walczyć przy boku Piłsudskiego, a jeden z nich zginął w bitwie pod Łowczówkiem.
Pierwsza wojna światowa przyniosła miastu duże straty, gdyż w początkowej jej fazie – przez pół roku – front utrzymywał się na linii Dunajca. W wyniku ostrzału artyleryjskiego częściowemu zniszczeniu uległ kościół św. Wawrzyńca oraz browar na Zamościu. Spłonął też młyn parowy na Zawodziu. Za to koniec wojny i wolną Polskę witali wojniczanie bardzo wcześnie. Władze miejskie już 5 XI 1918 r. ogłosiły odzyskanie niepodległości i odrodzenie państwa polskiego.
Okres międzywojenny (zwłaszcza lata trzydzieste) przynosi ożywienie – w 1921 r. miasto liczy 1910 mieszkańców i 371 domów – oraz wiele inicjatyw, między innymi rzemieślniczych, i dlatego być może decyzja władz państwowych z 1935 r. o odebraniu praw miejskich tak bardzo mieszczan zaskoczyła. Nie pomogły protesty. Wojnicz po prawie siedmiu wiekach stracił status miasta, miasta królewskiego.
Nie wiele zmieniło włączenie do miasta dwóch wsi Zamościa i Ratnaw w 1933 r., w gruncie rzeczy od dawna społecznie i gospodarczo zintegrowanych z nim. W 1918 r. obie wsie liczyły 685 mieszkańców i należały do Zygmunta Jordana.
Zamoście, wieś rycerska, lokowane na prawie niemieckim w 1277 r., zawsze posiadało własny samorząd a w XV w. należało do Breńskich. W 1439 r. dziedzicem był Piotr Trzewliński, a w 1454 r. Piotr Breński Trzewliński z Brnia, który w 1462 r. prowadził spór z Mikołajem ze Szczepanowic o granice z Zamościem. W 1489 r. Zamoście wydzierżawia Jakub ze Szczekocin (Dembiński). W 1491 r. Jadwiga córka Piotra Breńskiego, żona Jana z Rozembarku sprzedała je za 1500 florenów węgierskich Jakubowi ze Szczekocin – Dembińskiemu. Pod koniec XVI w., być może w związku z wymarciem potomstwa rodu, który niemal od połowy XV w. trzymał w swych rękach tenutę wojnicką, Zamoście weszło w skład starostwa wojnickiego, jako własność królewska. Starostowie często wydzierżawiali całą królewszczyznę i stąd rosła rola podstarościch i dzierżawców. W 1669 r. doszło do procesu o dziesięciny dla kościoła wojnickiego, podobnie jak w 1713 r. W 1732 r. oraz w 1755 r. dochodzi do procesu przed sądem królewskim o kolejne krzywdy a nawet o pobicia poddanych przez starostów wojnickich. Wieś występuje wówcza wspólnie z chłopami z Łoponia. W 1780 r. cała królewszczyzna, a więc i Zamoście, zostało sprzedane Michałowi Stadnickimu, który w 1796 r. odsprzedał je Fortunatowi Dąmbskiemu (†1812 r.). W 1787 r. Zamoście liczyło 21 domów, 443 morgi gruntu (w tym 242 morgi dworskie i 201 poddanych). Dąmbscy uważali się za dziedzicznych starostów wojnickich a ich działalność integrowała się coraz bardziej z dziejami Wojnicza. Kolejnymi dziedzicami byli Antoni Dąmbski (†1834 r.) i Władysław Dąmbski (†1877 r.). Po śmierci tego ostatniego zarząd włości spoczął w rękach Salomei z Jordanów Dąmbskiej matki, żony Antoniego (†1893 r.). W drugiej połowie XIX w. wobec wymarcia rodziny Dąmbskich, Zamoście przeszło w ręce Zygmunta Jordana. W 1934 r. ogłosili Jordanowiebankructwo majątku, który został poddany parcelacji w ramach reformy rolnej.
Ratnawy, które w 1329 r. były już nieźle zagospodarowaną wsią, składały się aż do końca XV w. z dwóch folwarków: rycerskiego i królewskiego. Ten ostatni wszedł w skład tenuty wojnickiej, pochłonął folwark rycerski i takim pozostał co najmniej do połowy XIX w. W 1489 r. Ratnawy wydzierżawił Jakub ze Szczekocin (Dembiński). Folwark jest potwierdzony w 1570 r. W 1595 r. doszło do procesu o dziesięciny dla kościoła wojnickiego, podobnie jak w 1669 r. i 1762 r. W 1787 r. były własnością Michała Stadnickiego i liczyły 9 domów i 171 morgów gruntu (w tym 136 morgów dworskich i 35 poddanych). W XIX w. zbudowano na gruntach dworskich cegielnię. Co najmniej do drugiej połowy XIX w. Ratnawy były w rękach Dąmbskich z Zamościa, a później przeszły w ręce Zygmunta Jordana. W 1921 roku folwark uległ parcelacji przeprowadzonej przez Jordana.
Druga wojna światowa zahamowała rozwój Wojnicza. Wkroczenie do miasta wojsk niemieckich (6 IX 1939 r.) rozpoczęło okres okupacji hitlerowskiej. Mimo represyjnej polityki okupanta (dwukrotne masowe aresztowania, aresztowania indywidualne, likwidacja wojnickich Żydów) działał ruch oporu i tajne nauczanie. W pierwszym transporcie do Oświęcimia, który odjechał z Tarnowa, był wojniczanin. Wielu wojniczan znalazło się w niemieckich obozach, wielu straciło życie. Z rodziny Mirochnów zginęło 5 osób.
Okupacja niemiecka skończyła się dla Wojnicza 18 I 1945 r. wkroczeniem żołnierzy radzieckich, a w kilka dni później Wojska Polskiego. Mieszkańcy samorzutnie zaczęli organizować życie w mieście. Już w lutym rozpoczęła działalność szkoła podstawowa. Z inicjatywy osób organizujących w czasie wojny tajne nauczanie powstało prywatne gimnazjum, które zmieniało profil kształcenia w miarę nacisku władz państwowych. Istniało do 1953 r.
Handel przejęła Spółdzielnia „Samopomoc Chłopska”. Już w lutym 1947 r. rozpoczęła działalność Gminna Biblioteka Publiczna. Powstała prężnie działająca spółdzielnia stolarzy Meblo-Artyzm produkująca piękne meble ludowe (90% produkcji wysyłano na eksport). Zorganizowali się sportowcy, spółdzielczość bankowa, reaktywowano orkiestrę dętą, powstała szkoła rolnicza.
Okres PRL to nie jest dla Wojnicza dobry czas. Władze, w większości ludzie spoza Wojnicza, niezbyt dbały o jego rozwój. Brakowało budynku szkoły i inicjatyw gospodarczych. To, co się rozwijało, jak np. szkoła rolnicza, usługi, czy przeprowadzenie gazyfikacji było wynikiem przedsiębiorczości samych mieszkańców oraz ich społecznego zaangażowania. Jedną z aktywniejszych grup stanowili wojniczanie skupieni wokół księdza Jana Królikiewicza i Oddziału PTTK „Seweryniacy””.
Korzystne zmiany dla Wojnicza przyniosły przemiany ustrojowe po 1989 r. Nowe władze samorządowe podjęły szereg inicjatyw gospodarczych mających ułatwić życie mieszkańcom. Do najważniejszych przedsięwzięć można zaliczyć budowę Domu Grodzkiego, budynków szkoły podstawowej, gimnazjum i sali gimnastycznej, budowę nowoczesnego przedszkola, telefonizację, wodociągowanie miasta, utworzenie Zielonego Parku Przemysłowego, doprowadzenie do budowy obwodnicy. Staraniem władz samorządowych powstała Filia Wyjazdowa Powiatowej Stacji Pogotowia Ratunkowego, powołano Komisariat Policji Państwowej, rozpoczęto kompleksową kanalizację gminy. Wojnicka OSP weszła do Krajowego Systemu Ratownictwa Gaśniczego. W Wojniczu funkcjonują między innymi filia Powiatowej Poradni Psychologiczno-Pedagogicznej w Tarnowie, dwa Niepubliczne Zakłady Opieki Medycznej, 3 apteki, Ośrodek Rehabilitacji, Lecznica Zwierząt, Biblioteka Gminna, Zespół Szkół Licealnych i Technicznych.
Dużą rolę odgrywa istniejące od 1993 r. Towarzystwo Przyjaciół Ziemi Wojnickiej.
Osiągnięcia ostatnich kilkunastu lat sprawiły, że możliwe stało się przywrócenie Wojniczowi praw miejskich. Stało się to 1 stycznia 2007 r. Centralnym punktem uroczystości związanych z tym historycznym wydarzeniem była msza św. odprawiona 18 I 2007 r. w intencji miasta i jego mieszkańców pod przewodnictwem biskupa Wiktora Skworca Ordynariusza Diecezji Tarnowskiej oraz uroczysta Sesja Rady Miejskiej z udziałem premiera RP Jarosława Kaczyńskiego. Rangę tych uroczystości można porównać do wydarzeń z 1239 r., kiedy do grodu wojnickiego zjechało wielu znamienitych gości, by witać księżniczkę Kingę.
